澳門大學的誕生可追溯到1981年3月東亞大學的創立。1979年，Ricci Island West 有限公司獲澳門政府批租土地，由黃景強先生、胡百熙先生和吳毓璘先生創辦澳門首間現代大學 ─ 私立東亞大學，也就是澳大的前身。東亞大學的創立，標誌著澳門現代高等教育的開始。
東亞大學首任校長為薛壽生教授。大學以“仁義禮知信”為校訓，根據英式教育制度，設有本科學院、預科學院和進修學院。建校初期，大部分學生來自香港。隨著《中葡聯合聲明》在1987年簽署，澳葡政府開始籌備將私立東亞大學轉為公立大學，以配合澳門政權移交過渡期的人力資源需求。當時，東亞大學設有五個學院：本科學院、理工學院、預科學院、公開學院及研究院。
澳葡政府在1988年通過澳門基金會收購東亞大學，並且開始重組大學和修訂大學章程，設校董會、諮詢委員會和教委會。1989年，原本設於本科學院的文學院、工商管理學院和社會科學學院成為獨立的學院，科技學院和教育學院也在同年成立。同年，大學開設法律課程和公共行政課程，大學教務委員會也下設研究委員會，以推動學術研究發展。1990年，大學將本科課程從三年制改為四年制。1991年成立法學院。同年，東亞大學更名為澳門大學，翌年《澳門大學章程》頒佈。
上世紀90年代中期，澳大迅速發展，本科和碩士課程於1997年獲葡萄牙教育部認可；增設多項獎學金，吸引更多優秀學生入讀；加強與澳門社會的聯繫，與本地的公、私機構和教育機構簽訂合作協議，輔助及共同開展課程與研究項目。至1999年澳門政權交接前夕，澳大已擁有全日制學生2,865人，其中碩士和博士研究生佔539人。
1999年，澳門回歸祖國，澳大在完成配合過渡期培養人才的使命後，也開始了新的發展階段。這時，大學增加學科、優化校園設施、提升師資質量和強化研究實力，並推動設置一系列新的學士和碩士課程、調低學費及提供獎學金和財政支援，使學生質素不斷提升。1999年，澳大首批推薦直接入學計劃的本科生入學，之後凡就讀於本澳中學六年級之優秀學生，經學校推薦可申請免試入讀澳大，並有機會獲發獎學金。
澳門回歸祖國後，澳門特別行政區政府領導層預見了澳門前所未有的發展前景。當時的行政長官和社會文化司司長接受了國際的普遍看法，認為由政府主導的本土大學已完成歷史任務，今後澳門必須有一所現代化和國際化的大學，不單滿足本地市民的需要，更要激發本地社會的壯志雄心，去迎接將來的國際挑戰和機會。為此，特區政府於澳門回歸祖國後就鼓勵澳大硏究修章的工作，2001年，澳大重組校董會，委任專職主席，特區政府也於2002年以批示成立“澳門大學修章工作小組”，正式啟動澳大章程的修訂工作，並且強調修章的目的是要實現澳大的現代化和國際化，使澳大的發展能配合特區的將來。
經過長達數年的討論、諮詢和研究，在2006年，澳門立法會通過《澳門大學法律制度》，行政長官頒佈新的《澳門大學章程》。大學成立新的管治架構，以校董會為最高管治機關來代替政府的直接監督，符合國際通行的高等教育模式，新章程賦與大學享有更獨立、自主和靈活的空間。澳大在2006年通過的修章帶來的學術自由和行政彈性加速了大學的發展步伐，使得澳大晉身現代化大學。
2009年為澳大發展的重要一年，全國人民代表大會常務委員會批准澳大在廣東省橫琴島建設新校區，並授權由澳門特區依照澳門特區法律實施管轄。新校區於2009年12月20日舉行奠基典禮，中央和特區政府自此賦予澳大一個更重大的歷史使命：建設世界一流的大學。2013年新校園啟用，2014年順利完成遷校，正式在新校園上課。
遷校後，澳大的辦學規模和水平不斷提升，學生人數從2014年的8,000餘人增至2024年的逾14,650人、研究領域和質量躍升、國際聲望穩步上揚。隨著橫琴粵澳深度合作區在2021年成立，澳大也緊握新機，擴大辦學空間，並且繼續通過以學生為本的優質教育、具國際影響力的重點研究，以及高水平的社會服務，矢志成為一所國際公認的卓越大學。