A UM encontra-se no 180º lugar segundo o Times Higher Education (THE) World University Rankings. Posiciona-se no 14º no THE Young University Rankings; no 36º no THE Asia University Rankings; e no 1º lugar segundo a Associação das Universidades de Língua Portuguesa. No Quacquarelli Symonds (QS) World University Rankings, está classificada na 245ª posição. No Best Global Universities Rankings da U.S. News & World Report, está classificada na 262.ª posição. Encontra-se classificada entre os melhores 1% pelo Essential Science Indicators (ESI) em 14 áreas, nomeadamente, Engenharia, Ciência dos Materiais, Ciências da Computação, Química, Farmacologia e Toxicologia, Medicina Interna, Psiquiatria/Psicologia, Biologia e Bioquímica, Ciências Sociais Gerais, Biologia Molecular e Genética, Ciência Agrícola, Economia e Gestão, Ambiente/Ecologia, Geociências, e Matemática.
A Faculdade de Gestão de Empresas da UM recebeu acreditações de três importantes organismos internacionais: o Sistema de Melhoria de Qualidade da EFMD (EQUIS) da Fundação Europeia para o Desenvolvimento da Gestão (EFMD), a Association to Advance Collegiate Schools of Business (AACSB) e a Association of MBAs (AMBA).
Em 15 áreas, a UM encontra-se classificada entre os melhores 1% pelo Essential Sciences Indicators
Nos QS World University Rankings por área científica, as classificações da UM são as seguintes: entre as posições 51-100 em Gestão de Hotelaria e Lazer; 151-200 em Linguística; 201-250 em Língua e Literatura Inglesa; 251-300 em Educação e Formação e Psicologia; 301-350 em Sociologia, e Farmácia e Farmacologia; 401-450 em Artes e Humanidades; 451-500 em Matemática; 501-530 em Engenharia Electrotécnica e Electrónica; 501-550 em Medicina; 551-600 em Ciências da Computação e Sistemas de Informação; 601-650 em Ciências Biológicas.
No THE World University Rankings por área científica, as classificações da UM são as seguintes: 126-150 em Educação, Engenharia e Psicologia; 151-175 em Ciências da Computação e Direito; 176-200 em Clínica & Saúde; 201-250 em Ciências da Vida, Ciências Físicas, e Ciências Sociais; 251-300 em Artes e Humanidades; e 301-400 em Negócios e Economia.