澳門大學新《澳門大學章程》於2006年9月1日正式生效，姚偉彬教授獲委任為校長。澳大當日並召開本學年第一次大學校董會會議，會上一致通過委任副校長及各院長職務。大學校董會成員由來自本澳社會各界、特區政府以及澳大人員等代表組成。

為了配合國際上高等教育的發展趨勢及澳門未來的發展需求，立法會於早前通過了《澳門大學法律制度》，行政長官其後頒佈《澳門大學章程》，章程於2006年9月1日起正式生效，行政長官並委任姚偉彬教授為校長，任期兩年。新章程實施後，澳大享有更獨立、自主和靈活的空間，包括有權設立新的課程，但必須經校務委員會審議通過，再由校董會在考慮澳大使命和財政可行性後批准。今年適逢是澳大二十五週年校慶，新法律制度和章程實施後，澳大日後的發展將可更上一層樓。

新章程生效當日，澳大即召開本學年第一次的大學校董會會議，校董會成員中有15名為行政長官委任的社會人士，包括謝志偉(主席)、李沛霖(第一副主席)、蔡冠深(第二副主席)、王宗發(司庫)、何厚炤、何鴻燊、吳榮恪、林綺濤、唐志堅、馬有禮、區宗傑、崔世平、曹其真、陳炳華、楊俊文；特區政府代表包括：社會文化司司長代表譚俊榮、高等教育輔助辦公室主任陳伯煇、教育暨青年局局長蘇朝暉、財政局局長艾衛立；校內校董會成員包括校長姚偉彬、副校長馬許願及黎日隆、院長唐理維及郝雨凡、學生會代表梁君傑；此外還包括校友會代表葛萬金。

早在第一次大學校董會舉行之前，校董會在6月至8月期間已先後召開了3次校董會預備會議，4次校董會臨時常設委員會會議，在這些預備會議上，主要討論大學的人事委任、授權、大學預算、大學內部規章、校園土地等議題，各校董均積極參與及給予意見，並對大學日後的發展寄予厚望和支持。

在9月1日首次的大學校董會議上，校董會在校長姚偉彬教授的建議下正式委任馬許願教授為負責研究事務的副校長、黎日隆博士為負責行政事務的副校長、唐理維教授為工商管理學院院長、單文經教授為教育學院院長、尹思哲教授法律學院院長、郝雨凡教授為社會科學及人文學院院長，李怡平教授為科技學院院長。並通過了大學的內部規章、授權事宜及2007年的大學預算案。

澳大在首次校董會結束之後，校長姚偉彬教授隨即召開了第一次校務協調委員會，由校長擔任主席，委員包括各副校長、各學院院長、學術輔助及行政部門主管。委員會職責主要就改善澳大運作的措施、預算、服務、回應工作等提出建議，會上各院長亦分別就日後學術資源的分配等給予意見。隨著澳大新架構和運作模式的發展，各委員均展望大學日後無論在學術或行政領域上更有出色的表現。