根據第260/2006號行政長官批示，由2006年9月1日起委任下列人士為澳門大學校董會成員：謝志偉（主席）、李沛霖（第一副主席）、蔡冠深（第二副主席）、王宗發（司庫）、何厚炤、何鴻燊、吳榮恪、林綺濤、唐志堅、馬有禮、區宗傑、崔世平、曹其真、陳炳華、楊俊文。校董會為澳門大學最高合議機關，負責制定澳大的發展方針及監察其執行，並促進澳大與社會的聯繫。其下設的委員會為：（一）常設委員會；（二）榮譽學位及榮譽名銜委員會；（三）監察委員會。此外，校董會可按需要為處理特定事務而設立臨時性質的委員會。
另根據第261/2006號行政長官批示，由2006年9月1日起委任下列人士為澳門大學議庭成員：方文雄、王守業、王志強、吳福、周禮杲、林金城、施綺蓮、胡順謙、馬有禮、梁維特、華年達、賀一誠、黃如楷、黃景強、黃楓樺、廖澤雲、鄭家成、黎祖智、黎鴻昇、霍震寰。大學議庭由行政長官擔任主席，校董會主席、第一副主席、第二副主席及司庫亦為其成員。大學議庭為澳大諮詢機關，其職權如下：（一）聽取澳大及校長年度報告；（二）就澳大所提議程進行討論；（三）就澳大的總體方針及發展計劃提供意見；（四）就整體學術計劃提供意見；（五）推動為澳大發展籌募經費的活動；（六）推動能提高澳大在社會上的聲望的活動。